Я думаю-руководителей у вас может быть столько,сколько вы можете прокормить....
А вести раздельный учет -самый выгодный вариант для НДС
Хотя для буха это-извините-профзаболевание под названием гемморой...

Я бы предложила такой вариант- у вас например палощадь 100 м, из них по плану выделить площадь под торговлю и под медуслуги условно пополам
Тогда все что связано с арендой и коммунальными услугами делите пополам
Расходы по зарплате персонала общего-уборщицы,дворники, бухи-тоже пополам
Канцелярские,питьевая вода,туалетная бумага-по количеству людей разделили потом по пропорции

И так далее... Для каждого вида расходов надо придумать свои критерии для распределения, построить таблицы для распределения, тогда финики не смогут оспаривать вашу пропорцию по НДС

Если конечно обороты по продаже маленькие совсем- работа буха дороже выгоды обойдется
А если значительные-имеет смысл

ворпос просто заключается в том,что эти 2 подразделения находятся в разных городах-в одном городе необлагаемая,а в другом облагаемая деятельность.Возможно ли расходы на аренду просто разделить без пропорций учитывая то,что в каждом подразделении свой руководитель,в каждом подразделении свои работники,а бухгалтер вообще наемное лицо? Тогда по логике за аренду ,где необлагаемая деятельность НДС пойдет в расходы,а где облагаемая НДС можно весь ставить в предналог?

Если отдельно-вообще без проблем аренда и прочее,что можно четко разделить по видам услуг или видам торговли
А вот общие расходы все равно надо смотреть-например бух-это не только зарплата,это канцелярские,это обслуживание проги,компа и прочего

Сейчас не можно, а даже нужно делить облагаемую и необлагаемую деятельность. Все, что можно разделить. Пропорцию надо считать только для тех расходов, которые невозможно или слишком сложно разделить.

Если у вас две структурки с явно различными видами деятельности, да еще в разных городах, сам бог велел вам делить расходы.

Спасибки;)