Думаю Вам это нужно оформить как ошибку предыдущих лет. И исправить декларацию за 2004 год.

Esli summa ne suschestvenna, to mozhno akceptirovatj etot invois sejchas i otnesti na rashodi proshlih let s vostanovlenijem v deklaracii. A esli suschestvenna to kak govorit Amuil.

3000 EUR -это существенная сумма?

Для кого как.

А 10% надо удерживать?

http://www.vid.gov.lv/dokumenti/tiesibu_akti/likumi/par%20uznemumu%20ienakuma%20nodokli.doc

3.pants Ar nodokli apliekamais objekts, nodokļa likme un taksācijas periods

(4) Attiecībā uz nerezidentiem ar nodokli apliekamais objekts ir Latvijā gūtie ieņēmumi no saimnieciskās darbības vai ar to saistītām darbībām. Nodoklis tiek ieturēts no tādiem maksājumiem, kurus rezidenti un pastāvīgās pārstāvniecības izmaksā nerezidentiem, ja no šiem maksājumiem nav ieturēts iedzīvotāju ienākuma nodoklis. Uzņēmumu ienākuma nodoklis tiek ieturēts no:

2) atlīdzības par vadības un konsultatīvajiem pakalpojumiem - 10 procenti no atlīdzības summas;