Работники беременные - тяжелый случай. Тут мы навряд ли чем поможем. Если работница забеременела, то отмечаете ей на листе нетрудоспосбности В, с какого числа она перестала ходить на работу и отправляете ее в собес за пособием. Зарплату начислять не надо и налогов платить не надо. Если через 4 месяца, когда закончится больничный лист, она на работу не выйдет, а напишет заявление на предоставление отпуска по уходу за ребенком, сдадите в СГД "Сведения о работниках" с кодом 40.