начмсление не делается ,отражается только оплата

А как отразить переплату?

Или отдельно от НДС не должно быть видно "пограничного"?

Для ПВН на таможне лучше открыть отдельный счёт, чтобы не путался со внутренними и ЕСовскими сделками. Муйта, к сожалению, не отражает в своих распечатках авансовые суммы, только те, что начислены по таможенной декларации, потому свериться с ней сложновато бывает. Для этих целей лучше открыть 239Х и граматовать на него оплаты таможне авансом, а потом переграматовывать, например,

Д239Х К262Х = 100

Д572Х К239Х = 50 начисленный ПВН в ТД

Обычно на платёжке муйта делает списание аванса и указывает остаток, вот по нему и можете сверить свой 239Х.

Спасибо большое!