Зачем через остатки вводить. Вводите проводками на дату слияния через какой-нибудь транзитный счет. Тогда будет баланс и до слияния и после.

Какая у Вас прога?

1C 8

Есди в этом 8 похожа на 7, то тогда через ввод остатков. А транзитным счетом и будет 0000.

Если Вам надо делать баланс по присоединяющему предприятию, а скорее всего Вам нужна оборотка, чтобы сложить остатки по счетам, то я просто на этот момент делаю ввод остатков непроведенными и на дату слиянию прога покажет остатки только присоединяющего предприятия.