Ну потому,что,когда вы купили товар (с тарой за деньги),то оттяпали у бюджета нную сумму в предналоге,а когда вернули(примерно,как продали),то и получается долг(начисление) бюджету,напишите проводки на бумаге все поймете:-D

Так я и пишу проводки:

получен товар с тарой Д 7120 К 5310

Д 7140 К 5310

Д 5721 К 5310

Возвращается тара Д 5310 К 7140

Д 5310 К 5721.

Для меня это очевидно, но хозяйка нахваталась каких-то сведений о бухгалтерии и считает что делаю неправильно, думая, что при возврате тары НДС не считается.

Консультируется у других бухгалтеров и говорит, что все ей в один голос отвечают, что возвратная тара не влияет на НДС. Я не знаю что она имеет в виду, говоря, что не влияет, не знаю что они подразумевают.

В целом выходит что не влияет, потому как сперва в предналог ставите, потом ту же сумму себе начисляете. Может это имели ввиду консультировавшие бухгалтера?

Ну не обязательно всю сумму,иногда-больше,иногда-меньше,но в глобальном масштабе не влият,а делаете Вы все правильно:-)