Ищите где написано про pakalpojuma sniegšanas vietu. Если место оказания услуги находится в Эстонии, значит латвийского НДС не будет.
Обычно место оказания услуги лицам, ведущим хозяйственную деятельность определяется по месту регистрации заказчика. В данном случае будет Эстония. Но есть и исключения из этого правила.

Ставка 0% применяется в других случаях, когда место сделки находится в Латвии, но особыми правовыми нормами сделка освобождается от налога.