Если ему дадут персональный код, то всё как с обычным работником.

Только не персональный код, а код налогоплательщика.

Jesļi on viberit kartu naloga platiļščeka (sertifikat) v svojeij strane, to situacija savsem inače.
Sociālnij nado budet načisļatj po ih procentnim stavkam (i platitj v ihņuju gasudarstvennuju kasu), podohodnij po našim procentnim stavkam (perečesļajetsja v Latvijskuju gosudarstvennuju kasu).
I jestj eščo nekotoriji ņuansi.
U menja na rabote rabotajut tri nerezidenta, pravda Litovci.
Možet u Itaļjancev nemnožko inače

Sociālnij nado budet načisļatj po ih procentnim stavkam (i platitj v ihņuju gasudarstvennuju kasu),

Но это же микропредприятие,мы платим 9% от дохода,а как разделить на социальный и подоходный?
Сегодня звонили в ВИД-там ответили ,всё также,как и у резидентов Латвии.Но я сомневаюсь.Для чего ему нужно выбирать карту налогоплательщика в своей стране? А,если он не выберет,что тогда?Посоветуйте,куда можно обратиться за консультацией

запросите официально налоговую

да тут в пером-втором ответе уже все сказали