Ты имеешь в виду склад и бухгалтерию. В складской программе, как я понимаю, могут быть разные отчёты по товарам на складе. И по себестоимости и по средней, а в бухии ...чаще всего по средней.

Может быть нарушена хроноголия по документам. Надо в материальной ведомости посмотреть где сбилась себестоимость,откатить период обратно и закатить заново. В 1С склад должОн вестись хронологически.Сначала приход (время),потом реализация.При сбое будет ..опа с остатками.

Как раз в этом году исправляла такие ляпы - в инвентуре одна сумма, а по оборотке другая.
У меня проблемы была в том, что неправильно списывались товары.
Например: Приход от 05/03/2014 в 12:00:00, реализация этого же товара 05/03/2014 в 12:00:01. Потом через какое-то время выяснялось, что не "повесила" доп.расходы на себес. - ставила доп.расходы. В итоге при реализации списалась не та сумма. Сначала перепровела все поступления-реализации, чтобы восстановить хронологию.
Если это не помогло, смотрела уже по карточке счета на каждую позицию. Сравнивала со складом.
В итоге, конечно, свела, но работы много.

Спасибо за ответы. дело в том, что все документы сделаны в хронологическом порядке, но части сумм не списываются на себестоимость. Вроде как там проблема в разнице в распределении себестомости по управленческому и бугалтерскому учёту.
ПыСы.
Рауз жутко непонятная штука, еще попробуй доказать что по ФИФО идёт списание.

Небольшйо апдейт по теме - наши разработчики 1С совсем с катушек съехали и не делают нифига, будто их конкуренты купили. Ахтунг, на повестке дня стоит вопрос по ручному заполнению всех инвентаризационных актов и расчете себестоимости и переводие всей бухгалтерии в эксель.