Раз плательщики, то только с налогом.

Ну во-первых, если машина эксплуатироалась в Эстонии, не совсем понятно, почему взяли с 0% (ведь вывоза не было). Впрочем может по эстонским законом лизинг не облагался, хотя странно... Для того, чтобы продать ее в Латвии, вам для на чала надо ее ввезти, сделать реверс и заплатить налог на легковые машины при регистрации. Ну и продавать соответственно с ПВН, ведь вы плательщики.

Машина с 2001 года эксплуатировалась в Латвии.

Тогда понятно