Ваши материалы, услуги и работа входят в смету. Отписывать заказчику материалы по накладным ненадо. Подписывается акт о выполненой работе( согласно смете, там и видны все материалы,услуги, ) и в течение 7 дней выставляете счет за выполненную работу. Если материалы приходуете на склад, то списываете в процессе работы с материальных отчетов на затраты.

Небольшая поправочка, материалы списываются в процессе работы совсем не на затраты, а на незавершенные заказы, иначе не будет одновременности признания расходов и доходов. В середине года это не так страшно, но в конце признавать расходы без доходов нельзя. Кстати это очень легко вычисляется, поэтому поосторожнее.

Что же касается накладных на материалы - то вы же реализуете строительные услуги, а не материалы, а стоимость материалов заказчик вам только компенсирует. Поэтому никаких накладных не надо.