Начисляется с общей суммы долга. НДС не облагаются.

Надо внимательно перечитать договор с предприятием,которому собираетесь заплатить штраф.Обычно штраф начисляется на всю сумму долга(с НДС) проводкой Д Начисленные штрафы К Кредиторы. При перечислении денег в платежном поручении штраф есть смысл выделить отдельно,если одновременно перечисляете кредиторскую задолженность с НДС,чтобы не запутаться в дальнейшем.