В 504 правилах сказано, что платится за реализованную упаковку. Если Вы делали отчеты по такому принципу, то можете и в 3 квартал включить, а если Вы платили по закупке, то (п.38 Правил), скорее всего, исправлять бы надо.

36. Nodokli par videi kaitīgām precēm un preču un izstrādājumu iepakojumu (turpmāk arī – iepakojums) maksā par iepriekšējā pārskata periodā Latvijas Republikas teritorijā pirmo reizi realizētajām vai savas saimnieciskās darbības nodrošināšanai izmantotajām videi kaitīgajām precēm un par iepriekšējā pārskata periodā Latvijas teritorijā pirmo reizi realizēto vai savas saimnieciskās darbības nodrošināšanai izmantoto preču iepakojumu un izstrādājumiem pakalpojumu sniegšanas rezultātā pievienoto iepakojumu.

38. Nodokli par videi kaitīgām precēm vai iepakojumu nodokļa maksātājs var samaksāt tūlīt pēc šo preču vai preču iepakojumā ievešanas Latvijas teritorijā.

http://www.vid.gov.lv/dokumenti/tiesibu_akti/mk%20noteikumi/drn/drn_20062006_nr.504.doc - 504 правила