Лучше (дешевле) - вести частично раздельный учет, разделяя расходы в 3 кучки: связанные только с облагаемыми сделками (например, закупка товара, который при продаже облагается ПВН), связанные только с необлагаемыми (зависит от сути необлагаемых сделок) и расходы, которые обеспечивают как облагаемые так и необлагаемые (обычно это административные). С первой кучки предналог отчисляете полностью, со второй - полностью неотчисляете и отражаете в затратах, а пропорцию применяете только к 3-ей кучке.

Это на Ваш выбор.

Я делаю, как Комарик написал. Конечно, гораздо хлопотнее, на для фирмы выгоднее.

Я тоже так делаю.