могу ошибаться, но по моему Вам нужно в Литве регистрироваться как НДС плательщикам.

В соответствии требованиям 26 статьи закона о ПВН вам надлежит регистрироваться в Литве плательщиками ПВН

(5) Ja citas dalībvalsts persona iekšzemē sniedz šā likuma 4.pantaceturtās daļas 1.punktā un piektajā daļā minētos pakalpojumus jebkurai personai, tad šai citas dalībvalsts personai pirms pakalpojumu sniegšanas jāreģistrējas Valsts ieņēmumu dienesta ar pievienotās vērtības nodokli apliekamo personu reģistrā neatkarīgi no sniegtā pakalpojuma vērtības.

Посмотрела статью 18 пункт 3) поставкой товаров на территории Европейского Союза является также перемещение лицом товаров с внутренней территории в другое государство - участник для обеспечения хозяйственной деятельности этого облагаемого лица в другом государстве - участнике;

Вам еще и в декларацию свою надо включить перемещение материалов в Литву.