9. Tirgotājam ir tiesības izvēlēties īpašo pievienotās vērtības nodokļa piemērošanas kārtību (turpmāk - īpašā nodokļa piemērošanas kārtība) vai vispārīgo likumā "Par pievienotās vērtības nodokli" noteikto pievienotās vērtības nodokļa piemērošanas kārtību (turpmāk - vispārīgā nodokļa piemērošanas kārtība) to preču piegādei, kuras tirgotājam ir piegādājis pārdevējs.
13. Par īpašo nodokļa piemērošanas kārtību uzskata tādu nodokļa piemērošanas kārtību, kur ar nodokli tiek aplikta starpība starp pārdošanas vērtību (naudas summu), ko tirgotājs ir saņēmis par pircējam piegādātajām precēm, un iepirkuma vērtību. Šī starpība ir samazināma par aprēķinātā pievienotās vērtības nodokļa vērtību.
http://www.vid.gov.lv/dokumenti/tiesibu_akti/mk%20noteikumi/pvn/pvn_13042004_nr.292_ar_grozij.doc
Domāju, ja jau izvēlējušies īpašo PVN kārtību, tad PVN aprēķināts pareizi.