"А потом нужно 1500 раз залезть в каждый документ" - зачем? Сверить остаток с банковской выпиской, он будет такой же, потому что файл - банковский, они за него несут ответственность.
"И как это все привязать к пустой базе" - не понял вопроса.
Аналитика для годового отчёта не нужна, там синтетический учёт. Кто делает задним числом, как Батейкин, вообще просто сказка.
Если Вы о текущем учёте речь ведёте, раз говорите об аналитике, то, конечно, в справочниках базы должны быть сведения о поставщиках/покупателях, тогда они с файла попадут в проводку. Доки связывать руками тоже нужно, если хочется вести подокументальный дебиторско-кредиторский учёт (от этого вообще никуда не деться, хотите связывайте, будете иметь учёт в разрезе документов, не хотите, не связывайте, тогда увидите только счета и проплаты без связи). Но это не относится к многочисленным проводкам банковской выписки, по которым вообще НИЧЕГО больше делать не требуется.